日本은 유라시아 大陸의 東쪽에 位置하고 있으며 北東쪽에서 南西쪽으로 約 3，000余km 에 걸쳐 있다. 溫帶氣候에 속해 있어 四季節의 區分이 뚜렷하고，南北으로 길게 位置하고 있어 地域 間의 氣候 差異가 크다.
日本은 北海道，本州，四国，九州라는 4個의 큰 섬과 6千 800余 個의 크고 작은 섬으로 이루어져 있다. 位置는 東經 122度에서 154度，北緯 20度에서 46度(쿠릴열도 포함)에 걸쳐 있으며，面積은 37万 7，915km~로 韓國의 約 4培，韓半島의 1.7倍가 넘는다. 또한 섬나라인 만큼 排他的 經濟水域은 日本 領土의 12倍로 世界 6位이다.
日本의 가장 東쪽은 東京都의 南鳥島이고， 가장 西쪽은 沖縄県의 与名柴島이다. 最南端은 東京都 의 沖の鳥島이고，最北端은 北海道 択捉島이다
日本은 地理的으로 韓国과 가장 가까이 位置하고 있으며，釜山에서 福岡까지는 約 2백余km，対馬까지는 49，5km밖에 떨어져 있지 않다. 맑은 날에는 釜山의 海雲臺와 太宗臺에서 肉眼으로도 対馬를 볼 수 있고，対馬의 上対馬에서도 釜山의 夜景이 보일 程度이다.
또한 日本은 兵庫県 明石市의 東經 135度 境界線上의 時間을 全国 標準時로 定하고 있는데， 韓國은 日帝强占期 때 定해진 日本 標準時를 그대로 使用하고 있어 兩國間에는 時差가 없다.
日本은 排他的 經濟水域에 있어서 韓國，中國과 意見 差異를 보이고 있으며，領土 問題에 있어서도 韓國과는 獨島 問題， 中國과는 尖閣列島 問題 러시아와는 北方의 4個 섬인 歯舞群島，色丹島，国後島，에토로후토와의 問題 等 풀어야 할 課題가 매우 많다.
日本의 4個의 큰 섬은 다리와 터널 等으로 連結되어 있다. 本州와 北海道를 連結하는 青函トンネル， 本州와 四国를 連結하는 3個의 本四架橋，本州와 九州를 연결하는 関門橋 等이 代表的이다.
日本은 地質學上으로 糸魚川静岡構造線을 境界로 東西로 니누어 東日本과 西日本으로 區分한다. 糸魚川静岡構造線은 新潟県과 静岡県를 잇는 140km~150km 거리로，3個의 斷層帶로 構成되어 있으며 東쪽이 西쪽보다 많이 솟아 있다.
日本의 国土는 約70%가 山池로， 東日本과 中部地方은 山脈이 南北 方向으로 뻗어 있고，西日本은 東西方向으로 솟아 있다. 特히 日本 本州의 中部地方에 있는 飛騨山脈， 木曽山脈，赤石山脈을 合쳐 日本アルプス라고 부른다.
이는 明治政府가 大阪 造幣局에 招聘한 冶金 技師인 英國인 윌리엄 고우랜드(William Gowland)가 1881秊 刊行 된 日本案内라는 책에서 飛騨山脈에서 보이는 周邊을 유럽 알프스산맥에 빗대어 紹介한 것에서 由來되었다.
日本에서 가장 높은 山은 富士山으로 높이가 3，776m인데，日本알프스에는 3，OOOm 前後의 높은 山들이 많아 日本의 지붕이라고 불린다.
日本의 平地는 全 국토의 4分의 1밖에 되지 않는다. 平野는 河川에서 나온 흙과 모 래로 만들어진 堆積平野가 많은데，代表的인 平野로는 関東平野，青森県의 津軽平野 等이 있다. 周圍가 山으로 둘러싸인 盆地는 国土의 中央部에 많으며，京都盆地，九州의 人吉盆地 等이 有名하다. 地帶가 周圍보다 높은 台地로는 東京의 武蔵野台地와 千葉県 北部의 下総台地 等이 代表的이다 有名한 山地로는 関東山地，紀伊山地 中国山地가 있고，山脈에는 앞에서 言及한 山脈 以外에 奥羽山脈이 널리 알려져 있다
또한 浅間高原 野辺山高原 等 有名 高原 外에도 多摩丘陵과 같이 東京에서 가까운 곳에 位置한 丘陵도 있다.
日本의 河川은 길이가 짧고 流速이 빠른 것이 特徵이다 이것은 水力發電에는 좋으나 季節에 따른 水量의 變化가 심해 洪水가 나기 쉽다는 短点이 있다. 日本 河川의 물은 工業用水와 農業用水，그리고 生活用水로 使用된다. 日本에서 가장 긴 江은 信農川로，新潟県에서 長野県에 걸쳐 흐르며，길이가 376km나 된다.
日本에서 가장 넓은 湖水는 滋賀県의 琵琶湖로，둘레가 241km，面積은 670.3㎢에 이르며，가장 깊은 곳의 수심은 103m나 된다고 한다. 또한 北海道(ほっかいどう)의 摩周湖는 世界에서 가장 물이 맑은 湖水로 알려져 있다.
日本의 海岸은 東쪽은 太平洋，西쪽은 韓国의 東海，北쪽은 오호츠크해，西南쪽은 東中國海 等으로 둘러싸여 있다. 海岸線은 대개 리아스식 海岸이다. 日本 近海를 흐르는 代表的인 海流로 暖流는 太平洋 沿岸을 따라 北으로 흐르는 黒潮와 黒潮의 一部로 九州의 南쪽에서 西쪽으로 갈라져 東海를 따라 北上하는 対馬海流를 들 수 있다 寒流로는 오호츠크해에서 太平洋으로 흐르는 親潮와 시베리아에서 東海 側으로 흐르는 リマン海流가 있다.
이들 海流들은 여름에 冷害를 입히거나 季節風에 影向을 주어 東海 쪽에 큰눈을 내리게 하는 等 日本의 氣候에 큰 影向을 끼친다. 日本은 環太平洋造山帶에 位置하고 있어 크고 작은 地震과 火山活動이 빈번 하다. 熊本県의 阿蘇山은 칼데리 山으로 둘레가 約 128km나 되며，農業과 牧畜業이 이루어지고 있는 것으로 有名하다.
1923년 9월 1일 發生한 関東大震災은 震度 7.9로，人命 被害가 142，807名에 達해 日本 災害 史上 가장 큰 被害를 남겼다. 人命 被害者 中에는 韓國人들도 많이 
包含되어 있었다.実際로 当時의 混亂한 狀況 속에서 大阪朝日新聞은 在日韓國人이 불을 내고 우물에 毒藥을 넣었다는 記事를 실어 많은 日本人들이‘暴徒と化した朝鮮人’을 두려워하여 自警団을 組織해 많은 無辜한 朝鮮人과 中國人이 억울하게 犧牲当했다.
1995年 1月 17日 發生한 阪神淡路大震災은 震度 7.3으로 近畿地域 中心으로 兵庫県，大阪府，京都府에 걸쳐 莫大한 被害를 남겼다 特히 震源地에 가까운 神戸市가 가장 큰 被害를 입었다 死亡者가 6，434名， 行方不明者와 負傷者가 43，792名，家屋 損失이 10万 채가 넘었다. 被害 總額은 約 10兆 엔을 넘었다.
2007年 7月 16日 新潟県中越沖地震도 震度 6.8로，死亡者 15名，負傷者 2，345名，被害額은 1兆 5千億 엔에 達했다.
2011年 3月 11日에 일어난 東日本大震災은 日本地震 觀測 史上 가장 큰 震度 9.0을 記錄했다. 地震 余波로 因해 海岸에는 波高 10m 以上의 津波가 發生하여 被害를 加重시켰다. 人命 被害는 2011年 10月 6日에 作成된 日本 警察廳의 記錄에 依하면，死亡者 15，821名，重傷者 5，940名，行方不明者 3，926名이다 또한 津波에 依한 複合的인 余波로 福島 第1原子力 發電所 設備가 被害를 입어 放射能漏出 事故까지 일어났다. 放射能 流出로 因한 被害는 2012年 12月 現在도 進行되고 있어 福島 原電半徑 20km 內의 住民들을 모두 다른 地域으로 避身 시켰으며，이에 따른 被害가 눈덩이처럼 불어나고 있다.
日本 國內에는 108個의 活火山 활화산(活火山)이 있다. 鹿児島의 桜島에서는 지금도 계속 火山재가 噴出되고 있어 住民들이 밖에 洗濯物을 널지 못할 程度이다.
2000年에는 東京의 三宅島에서 火山이 噴火하여 섬 住民全員이 待避한 例가 있고，2011年 1越에도 九州南部의 霧島山의 新燃岳 에서도 噴火가 있었다. 富士山은 休火山으로 1707年에 噴火한 後 지금까지는 活動이 없었다. 그러나 東日本大地震 以後 富士山의 噴火가 다시 擧論되기 始作했다.
日本은 火山 活動이 頻繁한 만큼 溫泉도 많은데，日本 全域에 約 3千 곳 以上의 溫泉地가 있다.